blast序列比對工具（blast序列比對）

大家好，我是小夏，我來為大家解答以上問題。blast序列比對工具，blast序列比對很多人還不知道，現在讓我們一起來看看吧！

1、．打開BLAST 頁面，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 打開后如圖所示：

2、對上面這個頁面進行一下必要的介紹：

3、BLAST 的這個頁面主體部分（左面）包括了三部分：BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。相信大家可以看懂這三個短語的意思，我就不多說了；我要說 的是，可以認為這是三種序列比對的方法，或者說是BLAST 的三條途徑。

4、第一部分BLAST Assembled Genomes 就是讓你選擇你要比對的物種，點擊相應物種之后即可進入比對頁面。

5、第二部分Basic BLAST 包含了5 個常用的BLAST，每一個都附有簡短的介紹。

6、第三部分Specialized BLAST 是一些特殊目的的BLAST，如IgBLAST、SNP 等等，這個時候你就需要在Specialized BLAST 部分做出適當的選擇了。

7、總之，這是一個導航頁面，它的目的是讓你根據自己的比對目的選擇相應的BLAST 途徑。下面以最基本的核酸序列比對來談一下BLAST 的使用，期間我也會含沙射影的說一下其 他序列比對的方法。

8、2． 點擊Basic BLAST 部分的nucleotide blast 鏈接到一個新的頁面。打開后如圖所示：

9、介紹一下上述頁面：

10、Enter Query Sequence 部分是讓我們輸入序列的，你可以直接把序列粘貼進去，也可以上傳序列，還可以選擇你要比對的序列的范圍（留空就代表要比對你要輸入的整個序列）。 Job Title 部分還可以為本次工作命一個名字。 Choose Search Set 部分是讓我們選擇要與目的序列比對的物種或序列種類（genome DNA、mRNA 等等）。如果是人或老鼠的話，就可以直接選擇了如果是其他物種就要選擇 “others”了，這時候網頁會主動跳出一個下拉對話框和一個輸入式對話框，你可以分別選

11、介紹一下上述頁面：Enter Query Sequence 部分是讓我們輸入序列的，你可以直接把序列粘貼進去，也可 以上傳序列，還可以選擇你要比對的序列的范圍（留空就代表要比對你要輸入的整個序列）。 Job Title 部分還可以為本次工作命一個名字。

12、Choose Search Set 部分是讓我們選擇要與目的序列比對的物種或序列種類（genomeDNA、mRNA 等等）。如果是人或老鼠的話，就可以直接選擇了如果是其他物種就要選擇 “others”了，這時候網頁會主動跳出一個下拉對話框和一個輸入式對話框，你可以分別選

13、擇和輸入要跟你的序列比對的序列種類和物種。下面的Entrez Query 可以對比對結果進行適當的限制。

14、Program Selection 部分其實是讓我們選擇本次比對的精確度，種內種間等等。在BLAST 按鈕下面有一個“Algorithm parameters” ，這是參數設置選項，一般用戶 使用不到此項，所以它比較隱蔽，點擊，原網頁下方即可增加了Algorithm parameters 的 內容。大部分戰友都用不到更改這里面的選項，我也不多說了，有興趣的朋友可以自己研究 一下。

15、3．依次填寫上述網頁必須部分，點擊BLAST 按鈕后，出現如下界面（只截取其中一部分）：

16、出現的這個結果頁面信息含量非常大，如果我們用心觀察，還是可以發現其中的一些主要指標的。列舉上圖也是為了給大家展示一下這些評價標準。其中Description 部分推薦大 家詳細看一下，另外說一下“E value” 這個指標與其他指標不同，它的數值越小相似程度

17、越高，其他幾個（如Totle score）都是數值越高相似度越高。在這個圖示的表格下方就是具體的相似性的核酸序列了，還配合著各種參數的得分。

本文到此講解完畢了，希望對大家有幫助。